שר המדע והטכנולוגיה יזהר שי קיבל ביום ראשון החלטה שנויה במחלוקת לאשר את מינויו של מדענית שנחסמה להיכנס לתפקיד על ידי קודמו בתפקיד אופיר אקוניס מכיוון שהיא חתמה בעבר על עצומה התומכת באנשים הם בעד השתמטות מהצבא. שר המדע והטכנולוגיה לשעבר, אופיר אקוניס, תקף את החלטתו של שי למנות את יעל אמיתי, פרופסור לפיזיולוגיה וביולוגיה תאית באוניברסיטת בן גוריון, כנציגת ישראל בקרן הגרמנית-ישראלית למחקר ופיתוח מדעי.

אקוניס אמר כי "החלטה מצערת ומוטעת זו מעניקה לגיטימציה לסירוב לבצע הוראות, זה פוגע בערכים הבסיסיים ביותר של החברה הישראלית." אקוניס חסמה את מינויו של אמיתי מכיוון שבשנת 2002 היא חתמה על עצומה התומכת במי שמסרב לשרת בצה"ל, מה שמשקף את עמדותיה האישיות והשמאלניות. הוא אמר ביום ראשון כי היא לא ביטלה את דעתה ולכן אינה כשירה לייצג את ישראל בשום פורום בינלאומי.

"זה מצער אך לא מפתיע ששר המדע החדש לא עמד בערכים בסיסיים של החברה הישראלית", אמר השר לשעבר אקוניס. שי הגן על המינוי בגלי צה"ל ואמר שלמרות שהוא לא מסכים עם עמדותיו של אמיתי, חיילי צה"ל נלחמים למען ישראל, שהיא דמוקרטיה – ובדמוקרטיה, יש לאנשים את הזכות לחופש הדעה והביטוי ויש לכבד זאת גם אם ישנן דעות ששונות מדעת הרוב. המחלוקת בין אופיר אקוניס ויזהר שי היא אחת מיני רבות מחילוקי הדעות בין המפלגות המובילות במדינה הליכוד וכחול-לבן שהחליטו לאחד כוחות ולבנות ממשלת אחדות לפני כחודש וחצי.

 בג"ץ קבע במרץ 2019 כי אקוניס אינה יכולה להטיל וטו על מינוי אמיתי בגלל דעותיה הפוליטיות. אקוניס הטיל וטו על מינויה ואמרה כי חתימתה על העצומה שקולה לעניות דעתו להשתמטות עצמה – למרות שהיא עצמה שירתה וילדיה שירתו בצה"ל, ההצהרה עליה חתמה הייתה לפני 17 שנה ומתוקף תפקידה אין עליה להביע דעות פוליטיות כפי שנהוג במקצועות רמי הדרג הללו.