הרוצח של סמ"ר עמית בן יגאל, ניזמי אבו בכר, שרצח את בן-יגאל במהלך פעולת גדוד באמצעות זריקת אבן מגג ביתו, נתפס על ידי כוחות הביטחון ביום ראשון. החקירה של אבו בכר הגיעה עם סיבוך אחד מסוים, שכן קשה היה למצוא מי משלושה חשודים נוספים שהיה איתו על הגג בזמן שיידה את האבן לעברם של החיילים.

הוא נעצר על ידי כוחות צה"ל והשב"כ במהלך פעולה שהתרחשה בביתו מיד לאחר האירוע, שלוש שעות בלבד לאחר ביצוע הפיגוע. המעצרים נעשו על ידי כוחות גולני והשב"כ. בשל הסיבוך בו היו מעורבים שלושת החשודים הנוספים, רק כעת הצבא יכול היה לאשר באופן רשמי וחד משמעי כי אבו בכר הוא זה שזרק את האבן. כוחות הביטחון אמרו כי הקושי לא נבע מהשגת ההודאה מצד התוקף, שאין לו תקריות ביטחון קודמות, אלא לנסות ולהגיע לאמת הסופית כי האבן שלו היא שהרגה את עמית בן יגאל. 

מפקד הגדוד האזורי מנשה, יאיר פאלי, אמר ביום ראשון לאחר שנחשף זהותו של המחבל. "הגדוד האזורי מנשה פעל למציאת המחבל בכל שעות היממה מבצע זה בוצע בשיתוף כוחות הביטחון והובל על ידי גדוד הסיור גולני" כוחותינו מצאו ועצרו את המחבל השפל שהרג את עמית בן יגאל", אמר שר הביטחון בני גנץ לאחר שנאמר כי אבו בכר הוא האשם. "אני מקווה שהעובדה שהוא נלכד מביאה נחמה להוריו של עמית, שאותם פגשתי לפני שבוע, אפילו ולו בקצרה. מי שיפגע באזרחי וחיילי ישראל – ישלם מחיר כבד. נגיע לכל אחד, בכל מקום".